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 | Acceso al texto completo restringido a Biblioteca INIA Las Brujas. Por información adicional contacte bibliolb@inia.org.uy. |
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Registro completo
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Biblioteca (s) : |
INIA Las Brujas. |
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Fecha : |
14/09/2023 |
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Actualizado : |
14/09/2023 |
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Tipo de producción científica : |
Artículos en Revistas Indexadas Internacionales |
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Autor : |
GIORELLO, F.M.; FARIAS, J.; BASILE, P.; BALMELLI, G.; DA SILVA, C.C. |
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Afiliación : |
FACUNDO M. GIORELLO, Espacio de Biología Vegetal del Noreste, Centro Universitario Regional Noreste, sede Tacuarembó, Universidad de la República, Tacuarembó, Uruguay; JOAQUINA FARIAS, Espacio de Biología Vegetal del Noreste, Centro Universitario Regional Noreste, sede Tacuarembó, Universidad de la República, Tacuarembó, Uruguay; PATRICIA BASILE, Espacio de Biología Vegetal del Noreste, Centro Universitario Regional Noreste, sede Tacuarembó, Universidad de la República, Tacuarembó, Urugu; GUSTAVO DANIEL BALMELLI HERNANDEZ, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; CECILIA CORINA DA SILVA, Espacio de Biología Vegetal del Noreste, Centro Universitario Regional Noreste, sede Tacuarembó, Universidad de la República, Tacuarembó, Uruguay. |
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Título : |
Evaluating the potential of XP-GWAS in Eucalyptus: Leaf heteroblasty as a case study. |
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Fecha de publicación : |
2023 |
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Fuente / Imprenta : |
Plant Gene. December 2023, Volume 36, article 100430. https://doi.org/10.1016/j.plgene.2023.100430 |
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ISSN : |
2352-4073 |
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DOI : |
10.1016/j.plgene.2023.100430 |
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Idioma : |
Inglés |
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Notas : |
Article history: Received 3 February 2023, Revised 24 July 2023, Accepted 11 August 2023, Available online 22 August 2023, Version of Record 31 August 2023. -- Correspondence: Giorello, F.M.; Espacio de Biología Vegetal del Noreste, Centro Universitario Regional Noreste, sede Tacuarembó, Universidad de la República, Tacuarembó, Uruguay; email:facundo.giorello@cut.edu.uy -- FUNDING: This work was supported by grant of the Ministerio de Educación y Cultura, Uruguay (Fondo Vaz Ferreira 173, DICyT, MEC). -- |
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Contenido : |
ABSTRACT.- Eucalyptus is one of the mainstays of the forest industry, contributing high-quality raw materials for pulp, paper, wood, and energy production. The typical approaches to reveal the genetic basis of important traits include classical Quantitative Trait Locus (QTL) mapping and Genome-Wide Association Studies (GWAS) approaches, but these are typically expensive and time-consuming. Here we evaluate the potential of Extreme-Phenotype GWAS (XP-GWAS) to identify candidate genes underlying a quantitative trait in Eucalyptus, using the timing of leaf heteroblasty as a case study. XP-GWAS involves genotyping pools of individuals grouped by extreme and opposed phenotypes from a population or a diversity panel and studying their allele frequency. Using a previous phenotyped trial of E. globulus, we sequenced pools of 50 individuals that notably differ in the onset of adult foliage. Since the genetic basis of heteroblasty is well understood, we first searched for previously identified genes. Secondly, we searched for new candidate genes and also evaluated the copy number variation (CNVs) that may be involved in this process. We found marginally significant SNPs associated with previously described microRNAs, and interesting new non-coding RNAs. Disease resistance genes were also uncovered, probably as a consequence of indirectly selecting resistant trees, although a possible interaction between resistance and heteroblasty cannot be disregarded either. Our work shows the utility and limitations of XP-GWAS analysis to explore the genetic basis of Eucalyptus. © 2023 Elsevier B.V. MenosABSTRACT.- Eucalyptus is one of the mainstays of the forest industry, contributing high-quality raw materials for pulp, paper, wood, and energy production. The typical approaches to reveal the genetic basis of important traits include classical Quantitative Trait Locus (QTL) mapping and Genome-Wide Association Studies (GWAS) approaches, but these are typically expensive and time-consuming. Here we evaluate the potential of Extreme-Phenotype GWAS (XP-GWAS) to identify candidate genes underlying a quantitative trait in Eucalyptus, using the timing of leaf heteroblasty as a case study. XP-GWAS involves genotyping pools of individuals grouped by extreme and opposed phenotypes from a population or a diversity panel and studying their allele frequency. Using a previous phenotyped trial of E. globulus, we sequenced pools of 50 individuals that notably differ in the onset of adult foliage. Since the genetic basis of heteroblasty is well understood, we first searched for previously identified genes. Secondly, we searched for new candidate genes and also evaluated the copy number variation (CNVs) that may be involved in this process. We found marginally significant SNPs associated with previously described microRNAs, and interesting new non-coding RNAs. Disease resistance genes were also uncovered, probably as a consequence of indirectly selecting resistant trees, although a possible interaction between resistance and heteroblasty cannot be disregarded either. Our work shows the utili... Presentar Todo |
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Palabras claves : |
Heteroblasty; MiR156; SISTEMA FORESTAL - INIA; XP-GWAS. |
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Thesagro : |
EUCALYPTUS GLOBULUS. |
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Asunto categoría : |
K01 Ciencias forestales - Aspectos generales |
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Marc : |
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005 2023-09-14
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500 $aArticle history: Received 3 February 2023, Revised 24 July 2023, Accepted 11 August 2023, Available online 22 August 2023, Version of Record 31 August 2023. -- Correspondence: Giorello, F.M.; Espacio de Biología Vegetal del Noreste, Centro Universitario Regional Noreste, sede Tacuarembó, Universidad de la República, Tacuarembó, Uruguay; email:facundo.giorello@cut.edu.uy -- FUNDING: This work was supported by grant of the Ministerio de Educación y Cultura, Uruguay (Fondo Vaz Ferreira 173, DICyT, MEC). --
520 $aABSTRACT.- Eucalyptus is one of the mainstays of the forest industry, contributing high-quality raw materials for pulp, paper, wood, and energy production. The typical approaches to reveal the genetic basis of important traits include classical Quantitative Trait Locus (QTL) mapping and Genome-Wide Association Studies (GWAS) approaches, but these are typically expensive and time-consuming. Here we evaluate the potential of Extreme-Phenotype GWAS (XP-GWAS) to identify candidate genes underlying a quantitative trait in Eucalyptus, using the timing of leaf heteroblasty as a case study. XP-GWAS involves genotyping pools of individuals grouped by extreme and opposed phenotypes from a population or a diversity panel and studying their allele frequency. Using a previous phenotyped trial of E. globulus, we sequenced pools of 50 individuals that notably differ in the onset of adult foliage. Since the genetic basis of heteroblasty is well understood, we first searched for previously identified genes. Secondly, we searched for new candidate genes and also evaluated the copy number variation (CNVs) that may be involved in this process. We found marginally significant SNPs associated with previously described microRNAs, and interesting new non-coding RNAs. Disease resistance genes were also uncovered, probably as a consequence of indirectly selecting resistant trees, although a possible interaction between resistance and heteroblasty cannot be disregarded either. Our work shows the utility and limitations of XP-GWAS analysis to explore the genetic basis of Eucalyptus. © 2023 Elsevier B.V.
650 $aEUCALYPTUS GLOBULUS
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653 $aMiR156
653 $aSISTEMA FORESTAL - INIA
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Registro original : |
INIA Las Brujas (LB) |
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Cutter
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Registro
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Volumen
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Registro completo
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Biblioteca (s) : |
INIA Tacuarembó. |
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Fecha actual : |
21/02/2014 |
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Actualizado : |
13/04/2018 |
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Tipo de producción científica : |
Documentos |
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Autor : |
PÉREZ GOMAR, E.; RISSO, D.; ZARZA, A. |
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Afiliación : |
ENRIQUE PEREZ GOMAR CAPURRO, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; DIEGO FERNANDO RISSO RIET, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; ÁNGEL ZARZA. |
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Título : |
Una alternativa de mejora de la producción forrajera invernal en litosoles (suelos superficiales) sobre Basalto. |
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Fecha de publicación : |
2000 |
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Fuente / Imprenta : |
ln: INIA TACUAREMBÓ. UNIDAD EXPERIMENTAL GLENCOE. JORNADA, OCTUBRE 2000, TACUAREMBÓ. Producción animal y pasturas en basalto. Tacuarembó (Uruguay): INIA, 2000. |
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Páginas : |
p. 15-17 |
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Serie : |
(INIA Serie Actividades de Difusión ; 239) |
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Idioma : |
Español |
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Contenido : |
Los suelos superficiales de basalto ocupan un área de 1.645.681 ha representando el 40 % de los suelos desarrollados sobre basalto.
Presentan escaso espesor, con contactos líticos a profundidades menores a 20 cm, pedregosidad y/o rocosidad que puede cubrir entre un 20 a 30 % de la superficie y
pendientes que varían entre 5 y 15 %. La baja capacidad de almacenar agua, por su escasa profundidad, los hace muy susceptibles a riesgos de sequía en el período estival. Sin embargo en el período invernal, es posible contar con agua disponible en el suelo como para lograr el crecimiento y desarrollo de especies forrajeras invernales anuales introducidas. El objetivo de este trabajo fue comenzar el estudio de factibilidad técnica y económica de aumentar los niveles de producción forrajera en situaciones marginales. |
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Palabras claves : |
PRODUCCIÓN FORRAJERA. |
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Thesagro : |
LEGUMINOSAS FORRAJERAS; LITOSOLES; SUELO BASALTICO; TIPOS DE SUELOS. |
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Asunto categoría : |
L01 Ganadería |
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URL : |
http://www.ainfo.inia.uy/digital/bitstream/item/9125/1/SAD-239p15-16.pdf
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Marc : |
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260 $c2000
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490 $a(INIA Serie Actividades de Difusión ; 239)
520 $aLos suelos superficiales de basalto ocupan un área de 1.645.681 ha representando el 40 % de los suelos desarrollados sobre basalto. Presentan escaso espesor, con contactos líticos a profundidades menores a 20 cm, pedregosidad y/o rocosidad que puede cubrir entre un 20 a 30 % de la superficie y pendientes que varían entre 5 y 15 %. La baja capacidad de almacenar agua, por su escasa profundidad, los hace muy susceptibles a riesgos de sequía en el período estival. Sin embargo en el período invernal, es posible contar con agua disponible en el suelo como para lograr el crecimiento y desarrollo de especies forrajeras invernales anuales introducidas. El objetivo de este trabajo fue comenzar el estudio de factibilidad técnica y económica de aumentar los niveles de producción forrajera en situaciones marginales.
650 $aLEGUMINOSAS FORRAJERAS
650 $aLITOSOLES
650 $aSUELO BASALTICO
650 $aTIPOS DE SUELOS
653 $aPRODUCCIÓN FORRAJERA
700 1 $aRISSO, D.
700 1 $aZARZA, A.
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Registro original : |
INIA Tacuarembó (TBO) |
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